Sekolah Menengah Ugama (SMU) Pekan Kunak merupakan sebuah sekolah menengah agama di bawah pentadbiran Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Negeri Sabah. Sekolah ini telah ditubuhkan pada 15 Februari 1997 dan dirasmikan pada 12 Januari 1999 oleh Tun Sakaran DandaI.
Sekolah ini dibina di kawasan seluas kira-kira 3 hektar (7 ekar). Pada peringkat awal, kemudahannya terdiri daripada:
- Bangunan akademik
- Makmal sains
- Surau
- Kantin
- Flat guru
- Asrama putera
- Asrama puteri
Pembangunan sekolah dilaksanakan secara berperingkat bagi memenuhi keperluan pendidikan Islam di daerah Kunak.
Kini sekolah tersebut lebih dikenali sebagai Sekolah Menengah Agama Negeri (SMAN) Tahfiz Pekan Kunak, salah sebuah sekolah menengah agama negeri yang berperanan melahirkan pelajar dalam bidang akademik, agama dan tahfiz di daerah Kunak.